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第1次冒險的3年後，數碼世界又隨即開始出現新的危機，為此而出現了新的被選中的孩子來拯救這個世界。原本被選中的孩子們都進入中學（阿武和小光沒有），他們不能再長時間地守護數碼世界和他們的數碼獸夥伴。某日，一個自稱數碼皇帝的凶暴少年突然出現攻擊數碼獸，還利用黑暗螺旋環和黑暗塔企圖控制數碼獸們。在他的處處逼迫之下，數碼獸迫於無奈展開戰鬥。
新一代被選中的小孩們共3個，另外還有阿武和小光繼續參戰。他們每個人都獲得一台新的暴龍機「D-3」，他們以此通過電腦進入數碼世界，另外一個用處是「裝甲進化」，只要使用數碼裝甲蛋就可以讓他們的數碼獸即使在黑暗力量的控制下，也可以完成裝甲進化。最後，大家成功阻止邪惡的數碼皇帝完成陰謀，可是他的最重要的數碼獸──蟲蟲獸因為小賢（數碼皇帝人格）的錯而死去。
小賢對他之前錯誤的行為感到後悔，並且決定加入被選中的小孩們，並且與新出現的敵人亞基利獸（Archnemon）和她的夥伴木乃伊獸（Mummymon）戰鬥。亞基利獸有獨特的力量可以把黑暗塔的控制力變強。為了與這個新的威脅戰鬥，孩子們得知了DNA Digivolution，使他們的數碼獸合併以獲得更多力量。 最後，當戰鬥被帶入現實世界，真正的策劃者——及川悠紀夫，為人所知。他從小賢那裡得到了黑暗種子，並把它植入了希望和小賢一樣的孩子們的身體裡。那些種子利用小孩們心中黑暗的力量成長成為花。最終，被選招的孩子們面對及川，知道了他是個極端不合群的人，他唯一的朋友是伊織的父親——火田浩樹。浩樹和及川年輕的時候經常在一起玩電子遊戲，最終著迷於數碼世界並且非常希望到那裡去。最後，有個存在從他的身體裡彈出，無不同於' 真正的' mastermind，究極吸血魔獸（Venom Vamdemon），現在再生作為貝利亞吸血魔獸（Belial Vamdemon）。
故事的最後，全世界的被選招的孩子全部幫忙，存在於每個人心中的光明和希望令數碼世界重新回到那個美好的地方，而及川因為太虛弱而不能進入數碼世界，他把自己的力量送給了自己熱愛的數碼世界，和數碼世界永遠在一起。和平恢復後，數碼世界和現實世界被聯繫起來，每個人都擁有了自己的數碼獸。 |
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