遊戲開始後，選擇男女主角來進行遊戲。
主角下車後，到新家二樓調查爸爸送的掛鐘可調整時間，之後主角媽媽竟然在電視上看到爸爸上電視了；之後去調查御玉木博士的家〈主角家隔壁〉，到二樓後，調查地上精靈球，博士的女兒/兒子就出現了。
之後發現此城鎮北方的御玉木﹝オダマキ﹞博士被Lv.2 ジグザグマ追著，接著博士就要你拿公事包裡的任何一隻來迎接戰鬥。
★ 向主角母親問候可醫療寵物小精靈！
回研究所後，你剛才所選的第一隻寵物小精靈御玉木博士為了表達救命之恩而送給了主角。接下來就準備朝北方的子時鎮﹝コトキ﹞出發，再到103號道路的草地，找到女主角戰鬥。
★ 注意此鎮有一位女士會替你解說商店的功能，並送你「藥水 × 1」！
★ 女主角的寵物小精靈也就是你選擇的寵物小精靈夥伴屬性的剋星！
回研究所後，為了獎勵這場決戰，博士就送你寵物小精靈圖鑑，而女主角會送你「精靈球 × 5」！
這時，母親就在門口了！ 她會給主角「跑步鞋」﹝按著 B 不放，在地上跑步的速度快兩倍﹞，接著準備踏上旅程了！
燈火市﹝トウカ﹞•父親的道館
接著102號道路可通行了！ 一路上有不少的訓練家，通過此路後就能到達燈火市了！
這家道館是父親所經營的，此時，恰好華利冒冒失失的跑出來，拉主角一起陪他去抓在此鎮附近出沒的「拉魯多斯」！
最後爸爸居然要求兒子要得拿到四個徽章再來挑戰.....
向左走離開燈火市，遇上肥墨鏡男……
不管了，先往燈火森林出 發吧！之後會發現一個男人正在尋找一隻寵物小精靈，接著邪惡的海盜軍團出現了！
打敗海盜軍團後，這位男人並給主角「超級精靈球 × 1」當謝禮並繼續踏上他的寵物小精靈之旅....
通過燈火森林後，出口前方有個小孩可以獲得技能機「09」〈種子機關槍〉！
至於再前方的花店可獲得「威利鯨﹝ホエルコ﹞澆水器」和一棵樹果！
決戰諾斯寶路場館•遺失的貨物
走過右方的獨木橋後，就到達洛斯寶終市﹝カナズミ﹞了！到左下方的大樓二樓可獲得紀念球；另外噴水池前有一間寵物小精靈教室，詢問老師後可獲得「先制之爪」﹝せんせいのツメ﹞；城內最上方是居合斬之家，進去後就能獲得祕傳機「01」〈居合斬〉！
接著準備迎戰第一個場館了，裡頭大多是擁有岩石系寵物小精靈的道館學生，玩家若有蟲或水屬系的寵物小精靈或許能較輕鬆地應付，較 特別的是，道主所擁有的寵物小精靈會使出「岩石封印」的招式，倒是這裡比較難一些。
獲勝後可得到「39」〈岩石封印〉和岩石徽章，這時就可以發揮聚合斬的效果了！
走出金圖市前，突然發生搶劫了，他們最後追到了後山的カナジタ隧道裡了！
聽說沙鷗爺爺的沙鷗被抓走了，終於在カナジタ隧道找到熔岩/海盜軍團的下落了！
海鷗﹝ハギ﹞爺爺的小屋
趕到隧道之後，發現海盜軍團的蹤影後，為了阻止他們的企圖，當然就要戰鬥囉！救回海鷗後，同時也搶回遺失的貨物﹝デボンのにもつ﹞了！
回到市鎮便能獲得「超級精靈球 × 1」，之後到寵物小精靈道具研究中心﹝デボン﹞
將貨物還給社長後，接著並委託主角必須幫他送一封信﹝ダイゴへのてがみ﹞
交給遠方的「史提芬」﹝ダイゴ﹞。
此時玩家會發現功能列多出了「PokeNavi」裝置選項，此裝置能顯示地圖、神奇寶貝的外觀值，如：有型值﹝かっこよさ﹞、美麗值﹝うつくしさ﹞、可愛值﹝かわいさ﹞等等，之外還有紀錄訓練家的檔案功能。其中新功能エソトリーコール(EasyTelecall)，不妨試用一下。
接著回到燈火森林的出口，剛好碰到女主角，告訴玩海沙鷗爺爺正往這座森林走出去。
★ 回燈火森林裡，砍掉右方的樹木，可向一位女士取得「奇蹟種子」﹝きせきのタネ﹞。
第二道館•謎樣的史提芬
來到海鷗爺爺的家後，就幫主角載往南方的離島─室鎮﹝ムロ﹞。 (船程中途獲得爸爸的電話)
★ 調查道館旁的一個人可獲得「低級釣竿」！
到達ムロタウン碼頭，碼頭旁民居給你シルクのスカーフ。
打敗此鎮的室道館之後，獲得技能機「08」〈巨大化〉。之後到西方的「石之洞窟」﹝いしのどうくつ﹞裡，裡面會有一位登山家給你密傳機「05 」〈閃光〉因為裡面太黑暗需要照明！史提芬就在石之洞窟深處，等著主角送信來，最後將信件交給後，便可獲得技能機「47」〈鋼之翼〉和史提芬的電話！之後回到 辦公室，可向寵物小精靈道具研究中心社長獲得「學習裝置」﹝がくしゅうそうち﹞喔！
再一次乘坐海鷗爺爺的遊艇，往「斯利博市」﹝カイナ﹞出發！
斯利博市﹝カイナ﹞的陽光沙灘！
到岸後，來到斯利博沙灘，這裡有許多的訓練家。
★ 右下方的雙胞胎女孩會給你「軟沙」﹝やわらかいすな ﹞！
往上方是「海之家」，打完這裡頭的全部訓練家後，可向店長獲得「梳打飲品」！在海灘上方正舉辦大笪地，販賣著一些加能力的道具，玩家若錢包夠多的話不妨可以買一下。
在SHOP購買ハーバーメール；再在SHOP左方人家取得やすらぎのすず。
カイナシティ左下方市集有人送你連線遊戲きのみクラッシュ的重要道具こないれ。
向此鎮最上方的紅色建築物﹝選美場地，高級會場﹞的一位小女孩，可獲得糖果合成機﹝ポロックケ－ス﹞！這裡也同時舉辦寵物小精靈選美大賽，不過比賽前要先通過普通級和中級才能參加這場比賽。 |
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